某天，秀力博士因为发现未知图腾的木刻板而神秘失踪，留下小美孤单一人生活在大宅内。
由助手帮忙带回的木刻板上记载了许多类似英文字母的图腾，感到无限孤独的小美便顺手排出了爸爸、妈妈、我（papa、mama、me）等文字。
而不知名的宝可梦“未知图腾”就因此被召唤来到这世界上。由于“未知图腾”的力量，小美所居住的大房子渐渐被结晶所包围而形成了结晶塔。
“未知图腾”为小美建造结晶塔，是为了帮助小美忘却父母不见后的孤寂，但却加深小美深陷在完美的幻象世界里，渐渐的她的心逐渐化为结晶，整座塔也被水晶所覆盖。并不断向外扩展，使得小美与世隔绝；还创造出了炎帝扮作小美的父亲。筆趣庫
与此同时，四处旅行的小智一行人邂逅了训练家小凌，双方进行了对战后结成朋友。
他们来到了绿地镇，发现结晶继还在续向外扩散，开始吞噬一切。这时秀力博士失踪的消息已经传到了真新镇，大木博士和小智的母亲花子因为挂念他的安危也赶来了。
由于小美想要妈妈，在塔中化身为她爸爸的炎帝，便催眠了小智的妈妈，并将她绑架进结晶塔充当小美的妈妈。小智此时已经无法置身事外，必须设法驱除未知图腾们，解救妈妈和小美，摆脱结晶塔神秘力量的控制。
小智、小霞、小刚还有他们的宝可梦在小凌给予的宝可装置的帮助下，一边同在宝可梦中心的大木博士保持联系，一边向着结晶塔进发。
跟踪皮卡丘而来的火箭队三人组也尝试着调查宅邸，结果被炎帝击飞掉入了宅邸深处。小美在电视里看到小智一行人并进入了梦乡，幻想着她成为了一名宝可梦训练家。
由于在电视中看到小智，花子不被炎帝注意到地从恍惚中摆脱了出来。随后炎帝在梦境中制造了成年的小美并带她向小智一行人挑战。
为了拖延时间，小刚让小智和小霞先行离开，自己留下与小美对战。但小美幻想的宝可梦们实力远胜小刚；随后小美又幻想自己成为了一名道馆馆主，与小霞进行了水下友谊赛，但胜负未决。
小智终于找到了小美和花子，但是此时小美心灵已经被扭曲的幻象迷惑，认定谁都不能抢走她的幸福，厚重的心防使得小美拒绝同小智离开结晶塔。炎帝阻止小智同花子离开，并向小智发动了攻击。
小智和皮卡丘被炎帝打下悬崖，但在喷火龙山谷得到消息的喷火龙及时赶到，将小智和皮卡丘救起。小智随后骑上喷火龙与炎帝展开激烈的殊死战，但最终仍被炎帝从空中击落。
就在小智即将坠入深渊之时，被小霞和小刚拉住，而火箭队也施以援手，将小智救起。愤怒的炎帝想要给予喷火龙致命一击，但清醒过来的小美命令前者住手并恳求其停止战斗。小智和他的朋友们说服小美同他们一道离开，炎帝随即坦承，它是由未知图腾制造出来扮演小美父亲的。
在众人的劝说下，小美决定与大家一起走出大宅，但此时未知图腾们突然失去控制，并试图将一行人封锁在宅邸里。
众人逃到未知图腾所在的大厅，皮卡丘和喷火龙试图攻破保护着未知图腾们的力场，但最终失败。这时炎帝赶到，在小美的信念支持下，大家齐心协力击破了结界，而炎帝也回到小美的梦中了。未知图腾们随即回到了异次元并收回了对于现实世界的所有影响，把秀力博士送回了最初他失踪的遗迹。
一行人终于来到了外面，见到了大木博士和小凌等人。在片尾中，小智一行人与小凌告别；小美得到了一只熊宝宝并与父亲重逢——其后，又与母亲重逢。 无尽的昏迷过后，时宇猛地从床上起身。想要看最新章节内容，请下载星星阅读app，无广告免费阅读最新章节内容。网站已经不更新最新章节内容，已经星星阅读小说APP更新最新章节内容。
他大口的呼吸起新鲜的空气，胸口一颤一颤。
迷茫、不解，各种情绪涌上心头。
这是哪？
随后，时宇下意识观察四周，然后更茫然了。
一个单人宿舍？
就算他成功得到救援，现在也应该在病房才对。
还有自己的身体……怎么会一点伤也没有。
带着疑惑，时宇的视线快速从房间扫过，最终目光停留在了床头的一面镜子上。
镜子照出他现在的模样，大约十七八岁的年龄，外貌很帅。
可问题是，这不是他！下载星星阅读app，阅读最新章节内容无广告免费
之前的自己，是一位二十多岁气宇不凡的帅气青年，工作有段时间了。
而现在，这相貌怎么看都只是高中生的年纪……
这个变化，让时宇发愣很久。
千万别告诉他，手术很成功……
身体、面貌都变了，这根本不是手术不手术的问题了，而是仙术。
他竟完全变成了另外一个人！
难道……是自己穿越了？
除了床头那摆放位置明显风水不好的镜子，时宇还在旁边发现了三本书。
时宇拿起一看，书名瞬间让他沉默。
《新手饲养员必备育兽手册》
《宠兽产后的护理》
《异种族兽耳娘评鉴指南》
时宇：？？？
前两本书的名字还算正常，最后一本你是怎么回事？
“咳。”
时宇目光一肃，伸出手来，不过很快手臂一僵。
就在他想翻开第三本书，看看这究竟是个什么东西时，他的大脑猛地一阵刺痛，大量的记忆如潮水般涌现。
冰原市。
宠兽饲养基地。
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御兽师？
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